Das Präsidium leitet die Hochschule. Dessen Aufgaben sind in § 29 ThürHG Thüringer Hochschulgesetz (ThürHG) definiert. Hauptsächlich ist das Präsidium verantwortlich für die Kommunikation mit den Ministerien, der Mittelbeschaffung für Forschung und Lehre sowie Koordination der Organe der Universität.
Es besteht aus dem/der Präsident*in, den Vizepräsidenten sowie dem/der Kanzler*in Kanzler*in. Nach § 30 ThürHG beträgt die Amtszeit des Präsidenten bzw. der Präsidentin sechs bis acht Jahre. Die Amtszeit der Vizepräsident*innen beträgt nach § 31 ThürHG zwei bis vier Jahre.