Die Fachschaftsratswahl findet jährlich (i.d.R. im November/Dezember) statt, sodass sich der StuKo vor Beginn der Weihnachtspause konstituieren kann. Der StuKo Studierendenkonvent (StuKo) ist verantwortlich für die Organisation der Wahlen. Dies beinhaltet u.a. Wahlwerbung, Offenlegen des Wählerverzeichnisses, Anwerben der Kandidierenden, Durchführung und Auswertung der Wahl. Nach der studentischen Wahlordnung findet die Wahl an mind. drei aufeinanderfolgenden Tagen statt, an denen Stimmen abgegeben werden können. Für Organisation und Verantwortlichkeit bildet der StuKo eine Wahlkommission bzw. einen Wahlvorstand. Diesem müssen nicht zwingend Mitglieder des StuKos angehören. Auf Interessenskonflikte ist zu achten.
Jede*r Studierende*r wählt die Fachschaftsratsmitglieder für seine/ihre Fakultät. Jede*r Studierende*r hat fünf Stimmen, welche beliebig auf die Kandidierenden verteilt werden können. Pro Fachschaftsrat können maximal 12 Mitglieder gewählt werden, es gilt das Meiststimmenprinzip. Nach § 1 der Wahlordnung der Studierendenschaft Wahlordnung der Studierendenschaft werden bis zu zwei Studierende, die mindestens eine Stimme, jedoch weniger Stimmen als die ersten zwölf Wahlgewinner bekommen haben, automatisch als Nachrücker designiert. Sollte ein Mitglied des Fachschaftsrats die Wahl nicht annehmen oder während der Legislatur ausscheiden, werden die Nachrücker in der Reihenfolge der meisten Stimmen angefragt, um diesen Sitz im Fachschaftsrat zu übernehmen.
Nach der Wahl müssen die gewählten Studierenden in den konstituierenden Sitzungen der Fachschaftsräte die Wahl annehmen, um Mitglied des Fachschaftsrats zu werden.
Sollte es weniger als 12 Kandidierende für einen Fachschaftsrat geben, kann sich ein Fachschaftsrat auch mit weniger Mitgliedern konstituieren.
Neben der Wahl in den FachschaftsRat wählen die Studierenden ebenfalls zwei Studierende ihrer Fakultät in einer Direktwahl in den StuKo.